單純皰疹可以發生在患者身體的任何一個部位，有些單純皰疹病毒發生在患者的身體深處，給鑒別診斷帶來了一定的困擾。臨床上要對單純皰疹進行鑒別診斷是有一定難度的，它是需要做很多檢查的，在檢查結果的前提下對這個病毒進行確診。 診斷凡體表部位具有典型皰疹損害者診斷不難;對損害僅存在於腔道深處，如生殖道、呼吸道、直腸的患者，倘疏於全面仔細的體檢，則有可能誤診;對僅系內臟皰疹損害，而身體淺表等易暴露部局限性損害，或呈腦組織彌漫性病變，CT和MR等影像學檢查顯示有額、顳葉的軟化灶;雙份血清和腦脊液HSV抗體檢查有顯著變化趨勢;病原學檢查陽性，如PCR檢測腦脊液提示有HSV感染等。通常有前5項改變即可診斷，有後3項更支持診斷。要注意的是，流行病學資料有時並不一定能收集到。例如，在部分新生兒HSV感染者的生母中.並無單純皰疹發病史或明確的接觸史，從而給臨床診斷造成很大困難。此類疑難病例的確診有賴於採集臨床標本，甚至活組織檢查，以搜索單純皰疹病毒感染存在的證據。疑新生兒及患有宮內HSV感染者，血清(可采臍血或足跟血標本)IgM型HSV抗體檢測陽性即可確診。 單純皰疹需要與帶狀皰疹相鑒別，沿身體一側的周圍神經呈帶狀分佈，皮損為數目較多的簇集的水皰，丘皰疹，排列成帶狀斑片，基底炎症明顯，常伴顯著的神經痛。單純皰疹需要與膿皰瘡相鑒別，膿皰瘡多發於兒童，夏秋季多見，接觸傳染性強，皰較大，有膿性分泌物形成的蜜黃色痂皮，散在分佈。 單純皰疹與面部帶狀皰疹相鑒別，面部帶狀皰疹的皮疹多數沿三叉神經或面神經的分支分佈，基底炎症明顯，呈帶狀排列，伴有神經痛。還要與與水痘相鑒別，其他原因引起的生殖器潰瘍或牙齦口腔炎和皰疹樣皮膚病，特別是皰疹樣皮炎和藥物性皮疹等疾病相鑒別。 對於單純皰疹要防止它復發，復發率還是挺高的，因為這個病毒不會刺激機體產生永久的免疫力，所以即使治癒之後也有可能復發。]