相較於對抗療法以迅速遮蔽症狀為目的，功能醫學則轉而尋找疾病的病根，以恢復或提升細胞功能來治療疾病。
疾病發生的病根主要包括毒素的暴露和累積、營養的絕對和相對失衡、慢性感染症、物理傷害等等，這些問題會阻礙細胞的各種功能，導致症狀表現在許多系統包括神經系統、免疫系統、腸胃系統、內分泌系統、心血管系統、泌尿系統、骨骼肌肉系統、生殖系統...，一個系統的失調，隨著病根惡化也會引發其他系統的失調，不斷擴大而產生越來越多症狀。功能醫學不以「症狀」為治療標的 (所以功能醫學並不分科)，而以排毒、矯正營養素失衡、支持體內正常的解毒功能、腸胃功能、免疫功能、內分泌功能、及避免慢性食物過敏原...等等當作治療手段。當絕對或相對病根被清除或有效處理後，有時相關症狀消失的速度比以藥物對抗症狀還要快，且更能持久，也沒有藥物的短期和長期副作用。
對於許多常見的疾病，功能醫學醫師可以從症狀判斷哪種毒素累積或哪些主要營養素缺失，並且，也可透過功能醫學檢驗的協助，包括檢驗重金屬累積(非對抗療法所做的血清或尿液重金屬)、毛髮重金屬礦物質、腸胃菌叢、腸漏症、食物敏感性、腎上腺疲勞、性荷爾蒙、神經傳遞物質(腎上腺素、多巴胺、GABA、血清素等等)、各種營養素濃度(包括維他命、礦物質、抗氧化物、胺基酸、脂肪酸...等)，給醫師和患者更多治療所需的資訊。