人體腸道內有一百兆隻以上的細菌，分屬於四百多種的菌種，其中，有的菌種對人體有益（例如L. acidophilus, L. casei, L. paracasei, L. rhamnosus GG, B. Longum），有的無益，有的甚至對人體有害（例如E.coli, Shigella dysenteriae, Staphylococcus aureus, Streptococcus lactis, Klebsiella pneumoniae, Salmonella schottmuelleri…）。

對人體有益的菌種，就是所謂的益生菌或益菌（probiotics）。

益生菌對人體的益處，可以大致分成幾個方面。 一、降低過敏反應：研究發現L. paracasei, L. rhamnosus GG, B. Longum等菌可以刺激輔助型Ｔ淋巴球第一型免疫反應，相對降低第二型免疫反應，因而達到調整過敏體質的作用。


二、提升抵抗力：部分益生菌可以增強免疫細胞淋巴球、巨嗜細胞、自然殺手細胞的活動力、刺激抗體的產生，因此增加人體對病毒及細菌的抵抗力，降低癌細胞增殖的機會。

三、抑制壞菌生長：某些益生菌可以產生乳酸，因而抑制酵母菌及許多壞菌的生長，因為酵母菌和大部分的壞菌需要中性的環境才容易繁殖；有的益菌（例如L. acidophilus）則製造acidophilin，亦可幫助腸道消滅多種害菌。

四、保護腸壁：研究發現，益生菌可以使壞菌不易附著於腸黏膜或穿透腸黏膜而進入血液中。

五、合成營養素：益生菌可以在我們的腸道內製造維生素Ｂ，包括biotin、thiamine(B1)、riboflavin(B2)、pantothenic acid(B5)、pyridoxine(B6)，甚至可以製造短鏈脂肪酸、胺基酸、維生素K、抗氧化物等等。

六、幫助消化吸收：許多菌種可以產生消化酵素，幫助分解我們吃下去的食物；事實上，經過發酵的食物，其中的營養份也比較容易被人體吸收。

七、減少重金屬的吸收：益生菌可以將食物中的甲基汞（來自海洋魚類）加以去甲基化，使成為無機汞，進而減少腸道對汞的吸收。

經由上述益生機轉，益生菌可以達到調整過敏體質、增加抵抗力、改善便秘或腹瀉、促進營養吸收、預防與治療幽門螺旋桿菌及胃潰瘍、減少有毒重金屬的吸收等效果。甚至可以經由保護腸胃道及促進消化的作用，進而減少毒素吸收、降低自由基的產生（減少體內脂質過氧化反應lipid peroxidation）、降低血脂肪、降低癌症發生機會。

現代人的飲食充滿了精製碳水化合物、精製糖，會促使酵母菌及壞菌繁殖，此外，水加氯、水污染、食品添加物、藥物（例如抗生素、胃藥、荷爾蒙、類固醇等等）、環境毒素、重金屬等皆會抑制益菌生長而相對助長壞菌，如果又缺乏來自蔬菜水果的果寡醣來提供益生菌營養，腸胃道內的益生菌數勢必少得可憐。如果能夠長期補充益生活菌，讓益生菌在腸道內成為優勢菌種，自然對於我們的健康有多方面的益處。